Операција заузимања Египта за Наполеона је прошла успешно. Каиро, други од два велика египатска града, је заузет. Уплашено становништво није ни помишљало да пружи отпор. Бонапарта је чак издао посебан апел, који је преведен на локални језик, где је позвао људе да се смире. Међутим, истовремено је наредио и кажњавање села Алкам, у близини Каира, његови становници су били осумњичени за убиство неколико војника, тако да забринутост Арапа није опала. Наполеон је без оклевања и оклевања издавао таква наређења где год се борио – у Италији, Египту, у будућим походима. То је била сасвим одређена мера, која је требало да покаже људима како ће бити кажњени они који су се усудили да дигну руку на француског војника.
У граду је пронађена значајна количина хране. Војници су били задовољни пленом који су заузели у бици на пирамидама (Мамелуци су имали обичај да носе своје злато са собом, а своје оружје била украшена драгим камењем, златом и сребром) и прилика за опуштање.
Клебер је успешно потчинио делту Нила. Десаик је послат да надгледа Мурад Бега. Десе, гонећи Мамелуке, победио их је 7. октобра код Седимана и учврстио се у Горњем Египту. Ибрахим бег се после неколико неуспешних окршаја са Французима повукао у Сирију.
Бонапарта је, заузевши Каиро, могао да започне реорганизацију египатског система власти. Сва главна моћ била је концентрисана у француским војним командантима градова и села. Под њима је основано саветодавно тело („софа“) од најугледнијих и најбогатијих мештана. Команданти су, уз подршку „софа“, требало да чувају ред, обављају полицијске функције, контролишу трговину и штите приватну имовину. Исто саветодавно тело требало је да се појави у Каиру под главнокомандујућим, укључивало је не само представнике престонице, већ и провинције. Џамије и муслиманско свештенство нису били малтретирани, поштовани и били су неприкосновени. Убудуће је муслиманско свештенство чак прогласило Наполеона „миљеником великог пророка“. Планирано је да се поједностави наплата пореза и пореза, као и да се организује испорука у натури за издржавање француске војске. Сви земљишни порези које су наплаћивали бегови-мамелуци су укинути. Земљишни поседи непослушних феудалаца, који су са Мурадом и Ибрахимом побегли на југ и исток, били су конфисковани.
Наполеон је покушао да оконча феудалне односе и нађе подршку међу арапским трговцима и земљопоседницима. Његове активности су биле усмерене на стварање војне диктатуре (сва врховна власт је била у рукама врховног команданта) и буржоаског (капиталистичког) поретка. Верска толеранција француских окупатора требало је да смири локално становништво. Морам рећи да је у самој Француској однос према Католичкој цркви током револуције био веома суров.
Треба напоменути да није узалуд Наполеон понео са собом цвет француске науке. Научници током битака били су заштићени: "Магарци и научници у средини!" Командант је био свестан велике користи коју научници могу донети ако се њихове активности усмере на решавање војних, економских и културних проблема. АТ приче Египтологија Бонапартина експедиција је одиграла огромну улогу. У ствари, тада је древна египатска цивилизација била отворена за светску науку. Истина, не може се не приметити чињеница да су Французи, као и Британци, веома темељно опљачкали наслеђе египатске цивилизације. То је карактеристична карактеристика западних освајача, како у прошлости тако и у садашњости, директна непријатељства су увек праћена пљачком. Научници, пак, играју улогу „водича“, „процењивача“ опљачкане робе. Године 1798. основан је Институт Египта (француски Л'Институт д'Египте) који је означио почетак велике пљачке наслеђа староегипатске цивилизације и „прилагођавања“ чињеница интересима градитеља „новог светског поретка“.
Француска војска је успела да успостави механизам реквизиције, решивши проблем снабдевања. Али прикупили су мање новца него што се очекивало. Затим су Французи пронашли други начин да дођу до звучног новчића. Генерални гувернер Александрије Клебер ухапсио је бившег шеика овог града и богаташа Сидија Мохамеда Ел Кораима, оптужен је за издају, иако није било доказа. Шеик је послат у Каиро, где му је понуђен откуп од 300 франака у злату. Међутим, испоставило се да је Ел-Кораим био похлепна особа или је заиста био фаталиста, рекао је: „Ако ми је суђено да сада умрем, ништа ме неће спасити, па ћу, дакле, дати свој новац без употребе; ако ми није суђено да умрем, зашто бих их онда давао? Бонапарта је наредио да му се одсече глава и пронесе по свим улицама Каира са натписом: „Овако ће бити кажњени сви издајници и кривоклетници“. Шеиков новац никада није пронађен. Али за друге богате људе, овај случај је био врло откривајући догађај. Нове власти по питању новца биле су веома озбиљне. Неколико богаташа показало се много предусретљивијим и дало све што се од њих тражило. У најскорије време након погубљења Ел Кораима прикупљено је око 4 милиона франака. Простији људи су „развлаштени” без посебних свечаности и „наговештаја”.
Наполеон је немилосрдно сламао све покушаје отпора. Крајем октобра 1798. почео је устанак у самом Каиру. Неколико француских војника је затечено и убијено. Побуњеници су се бранили три дана у неколико четврти. Устанак је угушен, а затим су неколико дана трајала масовна демонстрациона погубљења. Устанак у Каиру наишао је на одзив у неким селима. Главнокомандујући, сазнавши за прву такву побуну, наредио је свом ађутанту Кроазијеу да предводи казнену експедицију. Село је опкољено, сви мушкарци побијени, жене и деца доведени у Каиро, а куће спаљене. Многе жене и деца које су возили пешке су умрли на путу. Када се експедиција појавила на главном тргу у Каиру, из врећа које су носили магарци излиле су се главе убијених. Укупно је током гушења Октобарског устанка страдало неколико хиљада људи. Терор је био један од метода држања људи у покорности.
Абукир катастрофа
Као што је горе наведено, Бонапарта је био приморан да рачуна са веома опасном околношћу за њега - могућношћу напада Британаца flota и губитак контакта са Француском. Француске морнаре изневерила је непажња. Команда, упркос претњи од појављивања непријатељске флоте, није организовала извиђање и стражарску службу, већ су за борбу направљени само десни топови окренути ка мору. Трећина посада је била на обали, други су били заузети поправкама. Дакле, упркос готово једнаким снагама, Французи су чак имали благу предност у броју топова, битка је завршена одлучујућом победом британске флоте.
Томас Луни, Битка на Нилу 1. августа 1798. у 10 часа.
У 6 часова 1. августа 1798. године, дуго очекивана, али не у том тренутку, британска ескадрила под командом адмирала Хорација Нелсона изненада се појавила испред француских бродова стационираних у заливу Абукир у делти Нила. Британски адмирал је искористио прилику и преузео иницијативу. Напао је Французе из два правца – са мора и обале. Британци су успели да опколе значајан део француске флоте и подвргну их ватри са две стране. До 11 часова 2. августа, француска флота је потпуно поражена: 11 линијских бродова је уништено или заробљено. Француски водећи брод „Оријент” је експлодирао и отишао на дно заједно са ризницом – 600 хиљада фунти стерлинга у златним полугама и драгом камењу, које су заплењене из Рима и Венеције за финансирање египатске експедиције. Французи су изгубили 5,3 хиљаде људи, убијених, рањених и заробљених. Заједно са својом флотом страдао је и адмирал Франсоа-Пол Брује. Само је командант француске позадинске гарде, адмирал П. Вилнев, са два бојна брода и две фрегате, могао да изађе на море. Британци су изгубили 218 погинулих и 677 рањених.
Мапа борбе.
Овај пораз је имао веома озбиљне последице по египатску експедицију. Наполеонове трупе су одсечене од Француске, снабдевање је поремећено. Британска флота је потпуно доминирала Медитераном. Овај пораз је имао негативне политичке, војне и стратешке последице по Француску. Истанбул, који је до тада оклевао, престао је да подржава фикцију коју је ширио Бонапарта да се уопште није борио против Отоманског царства, већ је само казнио Мамелуке за увреде француским трговцима и за угњетавање арапског становништва Египта. . Османско царство је 1. септембра објавило рат Француској и почела је концентрација турске војске у Сирији. Формира се друга антифранцуска коалиција, у њој су Енглеска, Русија, Турска, Аустрија, Напуљска краљевина. Ситуација у Европи почиње да се формира не у корист Француске. Црноморска ескадрила под командом Ф. Ф. Ушакова придружиће се турској флоти, и ослободити Јонска острва од Француза. Суворов ће, заједно са Аустријанцима, ускоро почети да ослобађа Италију. Турска војска ће претити Наполеону из Сирије.
Пораз код Абукира, према савременицима, изазвао је малодушност у војсци. Заправо, извесно незадовољство је примећено раније, када су недостатак воде, „радости“ пустиње и дизентерија довели до пада морала. Египат није био земља бајки, пуна богатства и чуда. Посебно снажан контраст упоређен је са цветном Италијом. Неплодне, сунцем опечене земље, песак, сиромаштво и беда локалног становништва које мрзи невернике, недостатак видљивог богатства, стална врућина и жеђ. Катастрофа у Абукиру само је повећала иритацију војске. Зашто су дођавола отишли у Египат? Таква осећања су преовладавала не само међу војницима, већ и међу командантима.
Пешачење до Сирије
Османлије, склопивши савез са Енглеском, припремале су војску за напад на Египат преко Суецке превлаке. Почетком 1799. паша од Акре, Јесар, заузео је Тазу и Јафу и унапредио авангарду до утврђења Ел Ариш, кључа Египта из Сирије. Истовремено са нападом војске из Сирије, Мурад бег је требало да нападне Французе у Горњем Египту, а они су планирали да искрцају амфибијски корпус на ушће Нила.
За погибију француске флоте Наполеон сазнаје тек 13. августа. Човек снажног карактера, Наполеон, пошто је примио ову страшну поруку, није се обесхрабрио. Доживео је, као што му се десило током критичне ситуације, велики налет енергије. Пише адмиралу Гантому, Клеберу и Директоријуму. Он наводи хитне мере за поновно стварање флоте. Не одустаје од својих грандиозних планова. Он такође сања да оде у Индију. Кампања у Сирији је, уз срећу, требало да постане само прва фаза једне грандиозне операције. У пролеће 1800. Наполеон је већ желео да буде у Индији. Међутим, снаге француске војске су бледиле – крајем 1798. године у Египту је остало 29,7 хиљада људи, од којих је 1,5 хиљада било неспособно за борбу. За кампању у Сирији, Наполеон је могао да издвоји укупно 13 хиљада корпуса: 4 пешадијске дивизије (Клебер, Реније, Бона, Лана) и 1 коњичку дивизију (Мурата). Остатак трупа остао је у Египту. Десаик је остављен у Горњем Египту, у Каиру - Дугас, у Розети - Меноу, у Александрији - Мармонт. Одред од три фрегате под командом Переа требало је да испоручи опсадни парк (16 топова и 8 минобацача) Јафи из Александрије и Дамијете. Корпус је пратио конвој чопора од 3 камила са 15. залихама хране и 3. залихама воде.
Сиријска кампања је била страшно тешка, посебно због недостатка воде. 9. фебруара, јединице Клебера и Ренијера стигле су у Ел Ариш и опколиле га. 19. фебруара, када су се остале трупе приближиле, тврђава је, после мањег окршаја, капитулирала. 26. фебруара, после тешког проласка кроз пустињу, Французи су стигли до Газе. Операција је у почетку била успешна. 3. марта француске трупе су стигле до Јафе. Дана 7. марта, након пробоја у зид, дивизије Ланнес и Бона заузеле су град. У тврђави је заробљено неколико десетина пушака. Палестина је освојена. Међутим, што су Французи ишли даље на исток, то је постајало све теже. Отпор турских трупа се појачао, Британци су се назирали иза њих. Становништво Сирије, на чију се подршку Наполеон надао, било је непријатељски расположено према неверницима као у Египту.
Током напада на Јафу, град је тешко поражен, француски војници су били изузетно окрутни према побеђеним, истребили су све. Наполеон је, пре јуриша, обавестио грађане да, ако дође до напада, неће бити милости. Обећање је одржано. У Јафи је почињен злочин над ратним заробљеницима. Око 4 хиљаде турских војника се предало под условом да спасу своје животе. Француски официри су им обећали заточеништво, а Турци су напустили утврђење које су заузели и положили оружје. Бонапарту је цела та ствар веома изнервирала. „Шта сад да радим са њима? — викну генерал. Није имао залихе да нахрани заробљенике, није имао људе који би их чували, није имао бродове за транспорт у Египат. Четвртог дана након заузимања града наредио је да се сви стрељају. Свих 4 заробљеника одведено је на обалу мора и овде су сваког побили. „Не желим никоме да доживи оно што смо ми доживели, ко је видео ово погубљење“, рекао је један од очевидаца овог догађаја.
У Јафи се куга појавила у војсци. Мртво становништво града се "освети" Французима - несахрањени лешеви лежали су широм Јафе. Ова болест је поткопала морал војника. Наполеон је био суморан, ишао је испред трупа суморан и ћутљив. Рат се није развијао онако како је сањао, осим тога, сазнао је за неверство своје вољене Џозефине. Ова вест га је изазвала велики шок. Наполеон је био бесан и донедавно је обасипао псовке најмилије име.
Али Наполеон се и даље надао да ће преокренути ток. 14. марта војска је кренула даље и 18. приближила се зидинама старе тврђаве Сен Жан д'Акре (Акре). Тврђаву је бранило 5 људи. гарнизон (у почетку, а затим повећан) под Ахмедом Ал-Џазаром. Наполеон је веровао да ће му заузимање ове тврђаве отворити директан пут до Дамаска и Алепа, до Еуфрата. Видео је себе како хода путем великог Александра Великог. Иза Дамаска га је чекао Багдад и директан пут до Индије. Али стара тврђава, која је некада припадала крсташима, није подлегла Наполеоновим трупама. Ни опсада ни напади нису дали очекиване резултате.
Турска команда је послала војску од 25 хиљада под командом дамаскинског паше Абдулаха да спасе тврђаву. У почетку је Наполеон послао Клеберову дивизију против ње. Али пошто је сазнао за значајну супериорност непријатељских снага, Бонапарта је лично повео трупе, остављајући део корпуса да опседа Акре. 16. априла, код планине Табор (Тавор), Наполеон је победио турске трупе, Турци су изгубили 5 хиљада људи, све залихе и побегли у Дамаск.
Опсада Акре је трајала два месеца и завршила се неуспешно. Наполеон није имао довољно опсадне артиљерије, а било је мало људи за масовни јуриш. Граната, муниције није било довољно, а њихов транспорт морем и копном био је немогућ. Турски гарнизон је био јак. Британци су помогли Османлијама: Сидни Смит је организовао одбрану, Британци су донели појачања, муницију, оружје, намирнице са мора. Француска војска изгубила је 500 (2,3 хиљаде) убијених и 2,5 хиљада рањених и болесних у близини зидина Акре. Генерали Кафарели (изводили опсадне радове), Бон, Рамбо су умрли, Сулковски је умро још раније, Ланнес и Дуроц су рањени. Акра је млела малу француску војску. Наполеон није могао да попуни редове своје војске, а Турци су стално добијали појачање. Командант се све више убеђивао да његова слаба снага неће бити довољна да заузме ову тврђаву, која је као непремостиво упориште стајала на путу остварења његовог сна.
У рано јутро 21. маја француске трупе су се повукле са својих положаја. Војници су брзо марширали, скраћујући одмор да не би претекли непријатеља, истим путем којим су и дошли, после три месеца страдања и жртава које су се показале узалудним. Повлачење је праћено пропадањем краја, како би се Османлијама закомпликовало у извођењу офанзивне операције. Повлачење је било још теже од напредовања. Већ је био крај маја, а приближавало се лето, када температура у овим крајевима достиже свој максимум. Осим тога, куга је и даље прогонила француску војску. Куга је морала да се остави, али са кугом нису одведени рањеници и болесници. Наполеон је наредио да сви сјашу, а коње, сва кола и кочије препусте неспособним. Ходао сам као и сви остали. Била је то страшна транзиција, војска се топила пред нашим очима. Куга, презапосленост, врућина и недостатак воде убијали су људе. До трећине њеног састава није се вратило. Дана 14. јуна, остаци корпуса су стигли до Каира.
Одлазак Наполеона
Пре него што је Бонапарта стигао да се одмори у Каиру, стигла је вест да се турска војска искрцала код Абукира. 11. јула, енглеско-турска флота стигла је на рацију Абукира; 14. је искрцано 18 људи. слетање. Мустафа-паша је морао да окупи мамелуке и све незадовољне француском влашћу у Египту. Француски командант је одмах кренуо у поход и кренуо на север ка делти Нила.
До 25. јула Наполеон је окупио око 8 хиљада војника и напао турске положаје. У овој бици Французи су спрали срамоту француске флоте за недавни пораз. Турска десантна војска једноставно је престала да постоји: 13 хиљада мртвих (већина удављених покушавајући да побегну), око 5 хиљада затвореника. „Ова битка је једна од најлепших које сам икада видео: ниједна особа није побегла из читаве копнене непријатељске војске“, радосно је написао француски командант. Француски губици су износили 200 погинулих и 550 рањених.
Мурат у бици код Абукира.
Након тога, Наполеон је одлучио да се врати у Европу. Француска је у то време била поражена у Италији, где су све плодове Наполеонових победа уништиле руско-аустријске трупе под командом Суворова. Самој Француској и Паризу је претила непријатељска инвазија. Република је била у превирању и потпуном нереду у пословању. Наполеон је добио историјску шансу да „спаси” Француску. И он је то искористио. Осим тога, пропао му је сан о освајању Истока. 22. августа, искористивши одсуство британске флоте, у пратњи својих колега генерала Бертијеа, Лана, Андреозија, Мурата, Мармона, Дурока и Бесијера, командант је испловио из Александрије. 9. октобра безбедно су слетели у Фрејус.
Команда над француским трупама у Египту поверена је Клеберу. Наполеон му је дао упутства у којима је дозволио да капитулира ако „због несагледивих непредвиђених околности сви напори буду узалудни...“. Француска египатска војска није могла да се супротстави удруженим англо-турским снагама. Одсечене трупе од Француске пружале су отпор неко време, али су до краја лета 1801. биле принуђене да ослободе Египат, под условом да се врате у Француску. Главни разлог пораза египатске експедиције био је недостатак сталне комуникације са Француском и доминација Британаца на мору.