
Представник војне елите Јахја Кан одлучио је да делује што је могуће оштрије како би стабилизовао политичку ситуацију у Пакистану. Увео је ванредно стање у земљи, укинуо Устав, разрешио посланике Народне и Покрајинске скупштине. Јахја Кан је 31. марта 1969. године проглашен за новог председника Исламске Републике Пакистан. Али као владар, Јахја Кан није био баш компетентан и није се посебно трудио да води земљу. Већ 1970. године анализира различите опције за преношење власти на другу особу. У децембру 1970. одржани су први општи избори у Пакистану. Њихови резултати су били веома негативни за централне власти. Чињеница је да је 160 од 162 места додељена Источном Пакистану (Бангладеш) добило Авами лигу под вођством шеика Муџибура Рахмана. Ова политичка организација се борила за максималну аутономију Источног Пакистана, што није одговарало централном руководству. У Западном Пакистану, пре свега у Пенџабу и Синду, победила је Пакистанска народна партија, коју је предводио Зулфикар Али Буто, који је говорио са становишта исламског социјализма. У источном Пакистану су почели протести локалног становништва, што је довело до побуне и интервенције војске.

Генерал Јахја Кан је у овој тешкој ситуацији отишао на распуштање владе и смену свих гувернера, које је заменио војним командантима. Издате су уредбе о забрани сваке политичке активности и цензури штампе. Индијско ваздухопловство је бомбардовало Равалпинди и избио је свеопшти рат. Светске силе су отворено показале за кога подржавају. Тако је Совјетски Савез подржао Индију, а САД и Кина Пакистан. Географска удаљеност Источног Пакистана од Запада учинила је своје. Пакистанске трупе у Бенгалу су опкољене у региону Даке и предале се. Индијанци су заробили преко 75 пакистанских војника. 17. децембра 1971. завршен је Индо-пакистански рат. На мапи Јужне Азије појавила се нова државна формација - Народна Република Бангладеш.
Колапс земље задао је тежак ударац политичком ауторитету генерала Јахја Кана. У Западном Пакистану почеле су масовне демонстрације тражећи оставку председника земље. У садашњој ситуацији, председник није имао могућности да задржи своју функцију – уосталом, критиковао га је и скоро цео политички и војни естаблишмент Пакистана. Јахја Кан је 20. децембра 1971. поднео оставку на место председника земље. Тако је завршио његов кратки стаж на овој позицији, и то у Пакистану историу генерал је ушао као најнесрећнији председник. Касније је Иахиа Кхан окривљен не само за пораз у рату са Индијом и распад земље, већ и за злоупотребу алкохолних пића, претерано интересовање за жене, односно формирали су његову слику као особе потпуно неприкладне за водећу позицију председника земље. Након одласка Јахја Кана са председника државе, први пут после прва три председника – генерала Искандера Мирзе, Ајуба Кана и Јахја Кана, нови шеф државе постао је цивил – популарни политичар Зулфикар Али Буто. Он је, међутим, имао храбрости да осрамоћеног бившег председника Јахју Кана стави у кућни притвор.

Зулфикар Али Буто (1928-1979) потицао је из веома богате муслиманске породице и био је члан индомуслиманске политичке елите. Пошто је стекао одлично образовање у САД и Великој Британији – на Универзитету у Калифорнији и Оксфорду, Зулфикар Али Буто је дуго био дипломата, био је министар спољних послова Пакистана, а 1967. године основао је Пакистанску народну партију. Његова идеологија се сводила на тезе „Ислам је наша религија, демократија је наш облик владавине, социјализам је наш економски систем“. Зулфикар Али Буто је кренуо у економске реформе, а у области спољне политике више се фокусирао на сарадњу са исламским земљама арапског истока. У унутрашњој политици Буто је заузела курс ка исламизацији земље, забранивши алкохол, казина и ноћне клубове.
У Пакистану је 1973. године усвојен нови устав. Зулфикар Али Буто преузео је дужност премијера, задржавши пуну власт у својим рукама, а Фазал Илахи Чоудхури (1904-1982), ауторитативни пакистански политичар и ветеран Муслиманске лиге, постао је председник земље. Али председништво је сада било репрезентативно, тако да Чоудхури практично није имао моћ да утиче на политику коју је спроводила премијерка Буто.
Упркос чињеници да је Зулфикар Али Буто био чисто цивилна личност, он је као шеф државе показао такву ригидност која није била својствена сва три генерала која су пре њега обављала председничке функције. Буто је предузела низ мера да неутралише могуће завере у редовима војне елите. На пример, створио је Федералне безбедносне снаге, аутономне паравојне формације које су директно одговорне председнику. Поред тога, укинута су места команданата родова оружаних снага, а уместо тога, по америчком моделу, родове оружаних снага предводили су начелници генералштабова, а оружане снаге у целини – Заједнички начелник штабова. Сам Зулфикар Али Буто је постао државни секретар за одбрану. Међутим, Зулфикар Али Буто је направио фаталну грешку у именовању највиших војних команданта. Мухамед Зиа-ул-Хак му је деловао као један од најлојалнијих генерала, који је на све могуће начине демонстрирао своју разметљиву аполитичност и представљајући се као ватрени противник сваког мешања војске у политички живот земље. На крају, 1976. Буто је именовао Зиа-ул-Хака за начелника штаба пакистанске војске.

У марту 1977. Пакистанска народна партија победила је на редовним изборима. Опозиција није признала резултате избора и покренула је немире, на шта је премијерка Буто одговорила репресалијама. Под овим условима, генерал Зиа-ул-Хак је схватио да је дошло време за акцију. 4. јула 1977. у земљи се догодио војни удар. Сва власт је била у рукама војске. Зија-ул-Хак је 5. јула 1977. године проглашен за премијера земље, годину дана касније преузео је и функције министра одбране и министра спољних послова, а септембра 1978. године проглашен је за председника Пакистана. 4. априла 1979. обешен је бивши премијер Зулфикар Али Буто, који је био у притвору. Под вођством Зија-ул-Хака, Пакистан је постао права војна диктатура.
За време владавине Зија-ул-Хака не само да је продубљена сарадња Пакистана са Сједињеним Америчким Државама у војној сфери, већ је почела и појачана исламизација. Војска, која је раније била инструмент обуздавања верских фундаменталиста, почела је да обезбеђује трансформацију фундаментализма у државну идеологију земље.

Исламизација земље се огледала у промени војне доктрине пакистанске војске. Концепт џихада се активно уводио, а војни професионализам је повезиван са религиозношћу. Зиа-ул-Хак је веровао да пакистански војник може у потпуности да открије своје професионалне квалитете као војника само ако је најрелигиознија особа. Исламизација војске довела је до даље популаризације војне службе међу верским фундаменталистима. Уз то, на предлог америчких обавештајних служби, пакистанска војска је постала један од најважнијих покровитеља радикалних фундаменталистичких организација које делују у Кашмиру и суседном Авганистану.
Када је 1979. СССР довео ограничени контингент трупа у Авганистан, Зиа-ул-Хак је претворио Пакистан у базу за логоре авганистанских муџахедина. Пакистанска војска је постала најважнији савезник муџахедина, пружајући им свеобухватну подршку - оружје, муницију, инструкторе и саветнике, материјално-техничку базу. На територију Пакистана су послати ратни заробљеници - совјетски војници и официри, авганистанско војно особље - присталице ПДРА. Свима је позната трагедија у логору Бадабер 1985. године, где је дошло до побуне совјетских ратних заробљеника.

Дакле, видимо да је вектор исламизације пакистанских оружаних снага постављен крајем 1970-их - почетком 1980-их. генерала Зиа-ул-Хака и довела до трансформације Пакистана у главног стратешког савезника авганистанских муџахедина. Најближе везе су успостављене са Саудијском Арабијом и Уједињеним Арапским Емиратима, који су главни спонзори исламског препорода у земљама Блиског и Средњег истока и Африке.
17. августа 1988. умро је генерал Зиа-ул-Хак авијација катастрофа. Заједно са њим убијени су и амбасадор Сједињених Америчких Држава и шеф пакистанске обавештајне службе. Од првих дана, катастрофа је била повезана са циљаним елиминацијом Зиа-ул-Хак-а. Пакистанске тајне службе су преко медија енергично гурале верзију да је КГБ СССР договорио ликвидацију Зија-ул-Хака као освету за догађаје у Бадаберу. Након смрти Зиа-ул-Хака, на челу земље био је председник Сената Гхулам Исхак Кхан (1915-2006), политичар близак Зиа-ул-Хаку, по занимању хемичар. Гхулам Исхак Кхан је настојао да сачува политички модел који је поставио Зиа-ул-Хак, али је симбиоза оружаних снага и фундаменталиста која се формирала током година генералове владавине постепено слабила. Ипак, у првој половини 1990-их, Пакистан је наставио да пружа подршку не само авганистанским муџахединима, већ и верским фундаменталистичким организацијама које су постале активније у постсовјетским републикама централне Азије. Пресудну улогу у овој подршци имале су војска и специјалне службе.
Наставиће се...